للفلفل الحار العديد من الفوائد الصحية، أهمها:
1- تحسين مظهر البشرة
يساعد تناول الفلفل الحار في الحصول على بشرة صحية ونقية، إذ يساعد على التخلص من البثور والشوائب.
2- تعزيز صحة العينين
يساعد الفلفل الحار على تحسين صحة العينين، إذ يحتوي على فيتامين أ (Vitamin A) الذي يحافظ على صحتهما.
3- تسكين الألم
يقلل تناول الفلفل الحار عموماً من الشعور بالألم، بسبب احتوائه على الكابسيسين الذي يمنع انتشار الألم من الأجزاء المصابة إلى مناطق أخرى.
4- حفظ الطعام
يعمل الفلفل الحار كحافظ طبيعي للطعام من الفساد، إذ يتميز بخواص مقاومة للبكتيريا ولمسببات الأمراض، لذا عادة ينصح بإضافته للطعام عند وجود نية في أخذ الطعام خارج المنزل.
5- خفض الوزن
يساعد على حرق السعرات الحرارية بسرعة وكفاءة وبالتالي التخلص من الدهون غير المرغوب بها، كما يعمل على تنظيم عمليات الهضم مما يساعد على الحفاظ على الوزن.
6- صديق للقلب وحامي من السرطان
يعمل الفلفل الحار على دعم صحة القلب والشرايين، إذ يساعد على ضبط ضغط الدم والتقليل من الكوليسترول والدهون الثلاثية.
كما ويساعد على محاربة سرطان البروستاتا، فبالإضافة لكونه يقلل من فرص حدوث الالتهابات عموماً، فهو  أيضاً يجعل خلايا سرطان البروستاتا تدمر نفسها.
7- تعزيز صحة جهاز المناعة
يحتوي الفلفل الحار على فيتامين سي أكثر من البرتقال، ويساعد على تقوية جهاز المناعة، خاصة مع احتوائه على البيتاكاروتين وفيتامين أ.
كما يسهم في منع التهاب الجيوب الأنفية والرشح، عن طريق تقليل المخاط في الأنف والبكتيريا المسببة له.